本发明公开了一种丹参1-脱氧木酮糖-5-磷酸合成酶基因1及其编码的蛋白质与用途,填补了从我国传统名贵中药材丹参中分离克隆出1-脱氧木酮糖-5-磷酸合成酶基因1的空白。本发明所提供的1-脱氧木酮糖-5-磷酸合成酶基因1具有SEQ ID No.1所示的核苷酸序列或者添加、取代、插入或缺失一个或多个核苷酸的同源序列或其等位基因及其衍生的核苷酸序列。所述基因编码的蛋白质具有SEQ ID No.2所示的氨基酸序列或者添加、取代、插入或缺失一个或多个氨基酸的同源序列。本发明提供的1-脱氧木酮糖-5-磷酸合成酶基因1对于通过基因过量表达技术来提高丹参中丹参酮的含量具有显著作用,可用于丹参药材的品质改良,具有很好的应用前景。