发明公开了一种芍药脱氧木酮糖-5-磷酸合酶(PLDXS)基因及其编码蛋白与用途，该基因为首次利用构建cDNA文库从芍药中克隆而得，填补了从我国传统中药材芍药中分离克隆出脱氧木酮糖-5-磷酸合酶基因的空白。本发明所提供的芍药脱氧木酮糖-5-磷酸合酶(PLDXS)基因具有SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列或者添加、取代、插入或缺失一个或多个核苷酸的同源序列或其等位基因及其衍生的核苷酸序列。所述基因编码的蛋白质具有SEQ ID NO.2所示的氨基酸序列或者添加、取代、插入或缺失一个或多个氨基酸的同源序列。本发明提供的芍药脱氧木酮糖-5-磷酸合酶(PLDXS)基因可以通过生物技术提高芍药中脱氧木酮糖-5-磷酸(DXP)途径代谢产物的含量，在药材芍药的品质改良、活性成分合成生物学等方面，具有很好的应用前景。
