The present invention relates to a bacterial contamination prevention system for a bio clean room. The present invention includes: an air pollution sensor (115) provided in a separation chamber (100) and detecting air pollution in the separation chamber (100) an inflow pipe (110) connected to one side of the separation chamber (100) and supplying air to the separation chamber (100) a discharge pipe (120) connected to the other side of the separation chamber (100) and discharging air from the separation chamber (100) a differential pressure sensor (129) disposed in the discharge pipe (120) region and detecting the air differential pressure in the separation chamber (100) with respect to the outside of the separation chamber (100) a differential pressure module (130) disposed in the discharge pipe (120) region and controlling the air differential pressure in the separation chamber (100) based on a flip motion of an opening adjustment flip (131) adjusting the degree of opening in the discharge pipe (120) while rotating at the position and a controller (140) controlling the operation of the differential pressure module (130) based on information from the air pollution sensor (115) and the differential pressure sensor (129).COPYRIGHT KIPO 2016본 발명은 바이오 클린룸의 세균오염 방지시스템에 관한 것으로서, 격리실(100) 내에 마련되어 상기 격리실(100) 내의 공기오염을 감지하는 공기오염센서(115) 상기 격리실(100)의 일측에 연결되고 상기 격리실(100)로 공기를 공급하는 유입관(110) 상기 격리실(100)의 타측에 연결되고 상기 격리실(100) 내의 공기를 배출시키는 배출관(120) 상기 배출관(120) 영역에 설치되며, 상기 격리실(100)의 외부에 대한 상기 격리실(100) 내의 공기 차압을 감지하는 차압센서(129) 상기 배출관(120) 영역에 설치되며, 해당 위치에서 회전되면서 상기 배출관(120) 내의 개도를 조절하는 개도 조절용 플립(131)의 플립 운동을 통해 상기 격리실(100) 내의 공기 차압을 제어하는 차압모듈(130) 및 상기 공기오염센서(115) 및 상기 차압센서(129)로부터의 정보에 기초하여 상기 차압모듈(130)의 동작을 컨트롤하는 컨트롤러(140)를 포함한다.