本发明公开了一种小麦籽粒硬度相关基因及其编码蛋白与应用,其目的是提供一种小麦籽粒硬度相关基因及其编码蛋白与其在小麦籽粒品质改良中的应用。该小麦籽粒硬度相关基因,具有下述核苷酸序列之一:1)序列表中SEQ ID№:2的多核苷酸;2)编码序列表中SEQ ID №:1多肽序列的DNA;3)在高严谨条件下可与序列表中的SEQ ID №:2限定的DNA序列杂交的核苷酸序列。同野生型(pinA-D1a/pinB-D1a)相比,pinA-D1a/pinB-D1p突变型小麦的籽粒硬度有较大提高,本发明的小麦籽粒硬度相关基因可用于小麦puroindoline基因等位变异检测和分子标记辅助育种,对于优良小麦品种的培育将起到重要作用,从而满足不同小麦制品的需要。