本发明属于荔枝遗传育种技术领域,具体涉及一种基于毛细管电泳技术鉴定早、晚花荔枝杂交后代真杂种的分子标记。一种早、晚花荔枝杂交后代真杂种鉴定的分子标记CeLcZW,其特征在于:适合于LcFT1基因纯合的早、晚花荔枝杂交后代真杂种的鉴定,其由下列引物对经PCR扩增获得,所述引物对的上游引物为Seq ID NO.1所示的序列,所述引物对的下游引物为Seq ID NO.2所示的序列。本发明所提供的分子标记及鉴定方法能够在DNA水平上对早、晚花荔枝杂交后代进行真假性鉴定,有助于建立早、晚花荔枝的分子标记辅助育种体系,便于快速、高通量的应用于早、晚花荔枝间杂交育种实践中。