本发明属于荔枝遗传育种技术领域,具体涉及一种鉴定荔枝真杂种的分子标记。一种鉴定荔枝真杂种的分子标记LcED3,其由上游引物LcED3‑F和下游引物LcED3‑R经PCR扩增获得,所述的上游引物LcED3‑F为Seq ID NO.1所示的序列,所述的下游引物LcED3‑R为Seq ID NO.2所示的序列。本发明的分子标记LcED3是根据控制荔枝成花易、难性状的LcFT1基因启动子的差异所开发的,选择目标性状明确,能够在DNA水平上鉴定易、难成花荔枝杂交后代的真假性。本发明提供的分子标记及其鉴定方法具有分离效率高、方法简便、分析速度快、鉴定结果精确、同时不受环境影响的优点。