本发明属于植物分子遗传学技术领域,具体涉及一种早期鉴定荔枝成花早、晚性状的分子标记及其应用。一种早期鉴定荔枝成花早、晚性状的分子标记,其特征在于:所述的分子标记包括ZW1和ZW2;所述的分子标记ZW1是由Seq ID NO.1所示的上游引物和Seq ID NO.2所示的下游引物扩增得到;所述的分子标记ZW2是由Seq ID NO.3所示的上游引物和Seq ID NO.4所示的下游引物扩增得到。本发明提供的分子标记及其鉴定方法不仅筛选快速精确,可在幼苗阶段进行早期鉴定,对于荔枝特早花和特晚花种质资源育种创新具有重要意义,可显著缩短育种周期,大大节省人力、物力及土地,具有很高的社会经济价值和广泛的应用前景。