本发明涉及一种工程化有机磷水解酶、核酸和突变体及其应用,属于生物工程技术领域。本发明的工程化有机磷水解酶,是如SEQ ID No.1所示氨基酸序列的第55位、第57位、第83位、第114位、第137位、第188位或第262位氨基酸残基中的一位或者多位经过氨基酸替换后形成的新氨基酸序列组成的活性提高的有机磷水解酶突变体。与现有技术相比,本发明中的有机磷水解酶突变体对马拉硫磷的催化活性提高了36.7倍,同时该突变体保持了母本优良的热稳定性,50℃半衰期达65h。本发明中的有机磷水解酶突变体能够高效降解马拉硫磷等常见有机磷农药,热稳定性佳,在降解有机磷农药领域具有很好的应用前景。