本发明涉及一种通过荧光实时定量PCR建立转基因小麦生长期内根际土壤中镰刀菌(Fusarium.sp)拷贝数的方法,是在田间建立对角线5点采样取土点并标记定位,在播种前和生育期分别在上述各采样取土点采集根际土壤样本;将各采样取土点采集的土壤样本提取总DNA,并将样本的总DNA溶于ddH2O中,以镰刀菌特异性通用引物对SEQ ID No.2和SEQ ID No.3对每个时期的样本DNA进行PCR扩增,获得大小在418 bp的特异性片段;由荧光定量PCR仪根据荧光信号的变化及标准曲线直接测出相应的镰刀菌拷贝数;将不同时期土壤样本中镰刀菌拷贝数汇总,形成转基因小麦生长期内根系土壤中镰刀菌拷贝数。