本发明提供一种基于实时荧光定量PCR 检测小麦根际土壤中丛枝菌根真菌数量的方法，首先提取小麦根际土壤样本总DNA作为PCR扩增的模板，然后以SEQ ID No.1和SEQ ID No.2为引物扩增获得129bp的特异性片段，经连接、转化后，再以qPCR扩增；本发明方法法不仅鉴定了丛枝菌根，并且可以准确的对其进行绝对定量，得到在转基因小麦各个生育期丛枝菌根真菌的拷贝数，在小麦生长发育阶段，丛枝菌根拷贝数的变化总体呈现逐渐增加的趋势，本发明建立了快速、简便而精确的鉴定方法，为后续试验提供了理论和试验依据，对进一步评价转基因作物的安全性具有重要意义，与现有方法相比，本发明方法敏感性高，特异性强，重复性好，操作方便，结果直观。
