本发明涉及生物技术领域,具体涉及一种棉花钾转运体基因启动子及其应用。本发明中的一种钾转运体基因启动子pGhHAK5,其具有如SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列。该启动子序列具有根特异性表达调控元件ATAAAAT和参与低钾调控的ARF转录因子结合位点TGTCNN。该启动子能在拟南芥中驱动外源基因GUS的表达,其驱动的GUS主要在拟南芥成熟的根和地上部维管束组织中表达。上述启动子的植物表达载体pCAMBIA1381Z‑pGhHAK5可应用于制备转基因植物。本发明获得的钾转运体基因启动子,其克隆在提高植物钾吸收效率和目标基因在植物成熟根和地上部维管束组织中的精准特异性表达等方面具有应用价值。