本发明公开了一种玉米花粉特异性启动子及其应用。所述的玉米花粉特异性启动子具有SEQ ID NO.1所示的序列或是在严谨条件下能够与SEQ ID NO.1所示的序列发生杂交的且具有启动子活性的DNA序列。本发明提出的一种玉米花粉特异高效表达启动子在通过基因工程手段创制花粉败育材料时具有重要应用价值,例如将所述的启动子序列连接花粉发育必需基因的反义基因或构建成RNA干扰载体,转化到植物中可使花粉发育必需的基因在花粉中沉默表达,产生花粉败育植株,避免了目的基因在其他部位持续表达所带来的不利影响。本发明提供了一种利用启动子驱动目的基因在花粉中高效特异表达的新方法,在植物的遗传改良和植物生物反应器研究方面将具有广阔的应用前景。