The present invention establishes a system for the motor rehabilitation of the hands by means of a system for capturing the movement and interpreting notes that is interconnected to a rehabilitation flute, which has devices and preparations for sending signals and notes to the system intended to capture the movement. The system analyses, in a sequential manner, the motor behavior of the user so that a follow up of the motor abilities being performed until the rehabilitation is completed. Additionally, the system has movement specification templates, which provide the sequences of movement to be followed during the different stages of the rehabilitations, ensuring the monitoring and/or progress in the rehabilitation.La presente invención establece un sistema para la rehabilitación motriz de manos mediante un sistema de captación de movimiento e interpretación de notas interconectado a una flauta de rehabilitación, con dispositivos y preparaciones para el envío de señales y notas hacia el sistema de captación de movimiento. El sistema analiza secuencialmente el comportamiento motriz del usuario de manera que se realice un seguimiento de capacidades motrices hasta la culminación de la rehabilitación. Adicionalmente, el sistema cuenta con plantillas de especificación de movimiento, las cuales proveen las secuencias de movimiento a seguir durante las distintas etapas de rehabilitación, garantizando el seguimiento y/o avance dentro de la rehabilitación.