本发明公开了一种3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶及其编码基因和应用,该3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶的氨基酸序列如SEQ ID NO.6所示。本发明通过提取灰树花子实体总RNA,逆转录合成cDNA,并通过RT-PCR技术克隆灰树花的3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶基因(Gfhg),得到了3669bp的完整基因序列;还构建了真核表达载体pCAMBIA1302-Gfhg-hyg,应用樟芝菌丝体系统,对克隆获得的pCAMBIA1302-Gfhg-hyg进行了功能性验证,灰树花3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶基因(Gfhg)能够提高樟芝菌丝体中樟芝三萜的含量以及下游次级代谢产物,使植物产生或提高三萜的含量、提高植物的抗病性。