本发明公开了一种丹参3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶基因及其编码的蛋白质与用途,填补了从我国传统名贵中药材丹参中分离克隆出3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶基因的空白。本发明所提供的3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶基因具有SEQ IDNo.1所示的核苷酸序列或者添加、取代、插入或缺失一个或多个核苷酸的同源序列或其等位基因及其衍生的核苷酸序列。所述基因编码的蛋白质具有SEQ ID No.2所示的氨基酸序列或者添加、取代、插入或缺失一个或多个氨基酸的同源序列。本发明提供的3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶基因可以通过基因工程技术提高丹参中萜类活性成分丹参酮的含量,可用于利用转基因技术来提高丹参酮含量的研究和产业化中,有助于丹参药材的品质改良,具有很好的应用前景。