本发明为一种簇毛麦1VS染色体特异性分子标记引物及其应用,利用该分子标记引物能准确快速鉴定小麦背景中的簇毛麦1VS染色体,并且可以分离簇毛麦醇溶蛋白基因。本发明采用的技术方案为:所述特异性分子标记引物由1VS‑F2/1VS‑R3、1VS‑F8/1VS‑R3构成,1VS‑F2分子标记引物具有如序列表中SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列,1VS‑R3具有如序列表中SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列,1VS‑F8具有如序列表中SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列。簇毛麦1VS染色体特异性分子标记引物1VS‑F2/1VS‑R3、1VS‑F8/1VS‑R3在簇毛麦1VS染色体检测中的应用,及在簇毛麦1VS染色体上醇溶蛋白基因的克隆与分离中的应用。