PURPOSE: A method for controlling harmful algae using water soluble organic clay is provided to prevent effect to other marine ecosystems and to selectively prevent the harmful algae. CONSTITUTION: A water soluble organic clay controls harmful algae. The water soluble organic clay is metal ionic phylloxilicate having attached functional group selected from amino propyl, mercaptopropyl, methyl, phenyl, methacryloxy propyl, and glycyldeoxypropyl group. The functional group is amino propyl. A method for preparing the water soluble organic clay comprises: a step of dissolving magnesium chloride hexahydrite in ethanol; a step of adding 2-aminopropyl triethoxy silane(APTES) to the magnesium chloride hexahydrite to form a white float; a step of stirring the solution having the white float; a step of centrifuging the solution to separate into precipitate and supernatant; a step of suspending the precipitate in ethanol and centrifuging 2-5 times; and a step of dissolving water soluble organic clay in distilled water.본 발명은 수용성 유기점토를 이용한 유해조류 제어방법에 관한 것으로 더욱 상세하게는 마그네슘 또는 칼슘 필로실리케이트 및 이를 이용한 유해조류 제어방법에 관한 것이다.본 발명의 수용성 유기점토는 유해조류의 세포막에만 영향을 미칠 뿐 여타 해양 생태계에 전혀 다른 영향을 미치지 않으므로 유해조류만을 선택적으로 억제하는 효과가 탁월하다.