本发明公开一种茄子黄烷酮3‑羟化酶SmF3H及其基因和应用,所属基因的cDNA和gDNA分别具有SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2中所示的核苷酸序列。所述基因编码的氨基酸序列如SEQ ID NO.3中所示。所述基因的启动子序列具有SEQ ID NO.4中所示的核苷酸序列。该基因在根、茎、叶、花、果皮、果肉均有表达,茎中的表达量显著高于其他组织。低温胁迫下,其表达量在12h达到最大值,为未处理的2.34倍。构建茄子SmF3H的过表达载体并将其转入拟南芥中,发现其茎和果荚中的花青素含量都得到了显著提高。本发明为今后利用基因工程技术改良植物品质,获得高抗氧化性的药物或食物提供理论依据,具有很大的应用价值。