本发明属于动物疫苗与兽用生物制品技术领域,特别涉及一种小反刍兽疫病毒的亚单位H蛋白及其制备方法和应用,所述亚单位H蛋白为小反刍兽疫病毒H蛋白截短的头部功能区蛋白,亚单位H蛋白的氨基酸序列为:①如序列SEQ ID NO.1所示的氨基酸序列;②由序列SEQ ID NO.1经过取代、缺失或添加若干氨基酸得到的具有免疫原性的衍生氨基酸序列,且所述衍生氨基酸序列与序列SEQ ID NO.1具有80%‑100%的序列同一性。亚单位H蛋白主要通过构建重组质粒、重组质粒转染细胞株、筛选高表达的细胞株、纯化小反刍兽疫病毒的亚单位H蛋白制备而成,能较好的适用于小反刍兽疫病毒的亚单位疫苗或诊断试剂中,具有分泌表达高效、蛋白纯度高、易于纯化、生产成本降低、安全性能高等特点。