本发明公开了一种稳定的非典型猪瘟病毒亚单位蛋白及其疫苗和制备方法和应用,其为非典型猪瘟病毒亚单位蛋白的氨基酸序列如SEQ ID NO.3所示,该亚单位蛋白具有良好的免疫原性。制备该亚单位蛋白的步骤为:1)将SEQ ID NO.1所示的基因序列克隆到真核表达载体中得到含有非典型猪瘟病毒亚单位蛋白编码基因的重组质粒;2)再将含有非典型猪瘟病毒亚单位蛋白编码基因的重组质粒转染至CHO细胞中;3)通过培养、筛选、驯化2)中所述的CHO细胞株得到高度表达的细胞株;4)发酵培养3)中所述的细胞株,纯化后得到非典型猪瘟病毒亚单位蛋白。本发明制备该亚单位蛋白的方法简单、成本低、易于放大。将适量亚单位蛋白与佐剂混合后得到亚单位疫苗,该疫苗具有良好的免疫原性。