本发明公开了水稻稻瘟病抗性基因Pi35的功能性分子标记Pi35‑dCAPS及其方法与应用。通过比对和分析多个水稻品种中Pi35等位基因序列,得到有别于Pi35感病等位基因以及其他稻瘟病抗性基因的Pi35功能特异性位点1处(3780T);通过设计引物,分别得到SEQ ID NO. 1和SEQ ID NO. 2;利用该引物扩增水稻总DNA,并对扩增产物进行特异性酶切及电泳检测后获得Pi35的功能性分子标记Pi35‑dCAPS。本发明可在大量的水稻种质资源中筛选、鉴定稻瘟病抗性基因Pi35,以及在分子标记辅助选择育种、基因聚合育种以及转基因育种中应用。