A contact mode of contacting the boundary surface of the desired one of the interface with multiple liquid in the subject and the capsule endoscope 10, the capsule medical device guidance system 1 according to the present invention, the capsule endoscope 10 providing a separation mode away from the boundary of the desired, if the contact mode is selected, the buoyancy of the capsule endoscope 10, external control unit 4, the magnetic attraction or gravity of the capsule endoscope 10 buoyancy of the capsule endoscope 10, a magnetic or gravity of the capsule endoscope 10 in the case of controlling the magnetic field generator 2 force in the liquid is facing the boundary surface of the desired separation mode is selected I want to control the magnetic field generating unit 2 so as to face a direction other than the resultant force in the liquid of the attraction toward the boundary side of the desired.本発明にかかるカプセル型医療装置用誘導システム1は、カプセル型内視鏡10を被検体内の液体の複数ある境界面のうち所望の境界面に接触させる接触モードと、カプセル型内視鏡10を所望の境界面から離す離間モードとを設け、体外制御部4は、接触モードが選択された場合には、カプセル型内視鏡10の浮力、カプセル型内視鏡10の重力または磁気引力の液中における合力が所望の境界面側を向くように磁界発生部2を制御し、離間モードが選択された場合にはカプセル型内視鏡10の浮力、カプセル型内視鏡10の重力または磁気引力の液中における合力が所望の境界面側に向かう方向以外の方向を向くように磁界発生部2を制御する。