The invention includes amino acid substitutions that allow a molecule to have site-specific positions (and often unique amino acid residues in the molecule) for linking other molecules, such as efficient cell Provided are Shiga toxin A subunit-derived polypeptides, scaffolds, and cell targeting molecules that retain Shiga toxin function, such as internal routing and / or potent cytotoxicity. The present invention also provides cell targeting molecules, and / or their components, that include site-specific locations for linking other molecules, such as cell targeting molecules or agents that alter the properties of the cargo for delivery. To do. Certain molecules comprising the polypeptides of the invention exhibit reduced immunogenicity and / or are well tolerated by mammals. The cell-targeting molecules of the invention, and compositions thereof, are used, for example, for the selective delivery of cargo to target-expressing cells, as well as genetic disorders, genetic predispositions, infectious diseases, cancers, tumors, It is used as a diagnostic and / or therapeutic molecule for the treatment of various diseases, disorders and conditions, including proliferative disorders and / or immune disorders.本発明は、分子に、他の分子を連結するための部位特異的位置(及び多くの場合、分子中のユニークなアミノ酸残基)を備えさせる、アミノ酸置換を含むが、例えば、効率的な細胞内の経路決定及び/又は強力な細胞毒性などの、志賀毒素機能を保持している志賀毒素Aサブユニット由来のポリペプチド、足場、及び細胞標的化分子を提供する。本発明は、例えば、細胞標的化分子又は送達用カーゴの特性を変化させる薬剤などの、他の分子を連結するための部位特異的位置を含む細胞標的化分子、及び/又はそれらの成分も提供する。本発明のポリペプチドを含むある特定の分子は、免疫原性の低下、及び/又は哺乳動物による良好な耐容性を示す。本発明の細胞標的化分子、及びそれらの組成物は、例えば、標的発現細胞へのカーゴの選択的送達のために使用され、並びに遺伝性障害、遺伝的素因、感染症、がん、腫瘍、増殖異常、及び/又は免疫障害を含む、様々な疾患、障害及び状態の治療のために、診断及び/又は治療用分子として使用される。