A capsule endoscope (10) provided with a permanent magnet therein and introduced into the subject, a guidance magnetic field generating device (30) provided outside the subject, a capsule endoscope (10) An operation input section (43) for inputting an operation signal for changing the position or attitude of the induction magnetic field generator (30) based on the operation signal input from the operation input section (43) To change the position or attitude of the capsule endoscope (10) and change the position or attitude of the capsule endoscope (10) to the induction magnetic field generator (30) before or at the start of the operation performed on the operation input section And a guidance magnetic field control unit (471) for acquiring control information representing a control state and controlling the induction magnetic field generating device (30) using the control information after the above operation is completed. Thereby, a capsule type medical device guiding system capable of improving responsiveness of a capsule medical device to an operation input is provided.内部に永久磁石が設けられ、被検体内に導入されるカプセル型内視鏡(10)と、被検体外に設けられた誘導用磁界発生装置(30)と、カプセル型内視鏡(10)の位置又は姿勢を変更させる操作信号を入力する操作入力部(43)と、操作入力部(43)から入力される操作信号に基づいて誘導用磁界発生装置(30)を制御することにより、磁界を変化させてカプセル型内視鏡(10)の位置又は姿勢を変化させると共に、操作入力部(43)に対して行われた操作の開始前又は開始時における誘導用磁界発生装置(30)に対する制御状態を表す制御情報を取得し、上記操作の終了後に、該制御情報を用いて誘導用磁界発生装置(30)を制御する誘導用磁界制御部(471)とを備える。これにより、操作入力に対するカプセル型医療装置の応答性を向上させることができるカプセル型医療装置誘導システムを提供する。