Disclosed herein are compounds and methods to identify the direct RNA targets of small molecules in cells is described. The approach, dubbed Chemical Cross-Linking and Isolation by Pull-down to Map Small Molecule-RNA Binding Sites (Chem-CLIP-Map-Seq), appends a cross-linker and a purification tag onto a small molecule. In cells, the compound binds to RNA and undergoes a proximity-based reaction. The cross-linked RNA is purified and then amplified using a universal reverse transcription (RT) primer and gene-specific PCR primers. At nucleotides proximal to the binding site, RT "stops" are observed. This approach has broad utility in identifying and validating the RNA targets and binding sites of small molecules in the context of a complex cellular system.L'invention concerne des composés et des procédés pour identifier les cibles directes d'ARN de petites molécules dans des cellules. L'approche, surnommée Chem-CLIP-Map-Seq ( Chemical Cross-Linking and Isolation by Pull-down to Map Small Molecule-RNA Binding Sites – Réticulation et isolement chimiques par Pull-down pour cartographier des sites de liaison petites molécules-ARN), ajoute un agent de réticulation et une étiquette de purification sur une petite molécule. Dans les cellules, le composé se lie à l'ARN et subit une réaction basée sur la proximité. L'ARN réticulé est purifié puis amplifié à l'aide d'une amorce universelle de transcription inverse (RT) et d'amorces de PCR spécifiques au gène. Des "stops" de RT sont observés au niveau des nucléotides proches du site de liaison. Cette approche a une grande utilité dans l'identification et la validation des cibles d'ARN et de sites de liaison de petites molécules dans le contexte d'un système cellulaire complexe.
