The present invention relates to a method for measuring gut health comprising the steps of:a) collecting or receiving at least one, preferably two faecal samples, preferably three or more faecal samples from a human or animal, and the sample comprises markers;b) using the sample of step a),to generate output databased on a composition and/or function and/or metabolic activity of gut microbiota; c) measuring output data in relation to level and/or stability of one or more marker sand/or relation between different markers to generate a result on gut health.La présente invention concerne un procédé de mesure de la santé intestinale comprenant les étapes consistant à : a) collecter ou recevoir au moins un, de préférence deux échantillons fécaux, de préférence au moins trois échantillons fécaux en provenance d'un homme ou d'un animal, et l'échantillon comprend des marqueurs; b) à l'aide de l'échantillon de l'étape a), générer des données de sortie sur la base d'une composition et/ou d'une fonction et/ou d'une activité métabolique du microbiote intestinal; c) mesurer les données de sortie en fonction du niveau et/ou de la stabilité d'un ou plusieurs marqueurs et/ou d'une relation entre différents marqueurs pour générer un résultat sur la santé intestinale.