本发明公开了一种细菌限制‑修饰系统及其应用。所述的限制‑修饰系统包括限制‑修饰复合酶,其中所述的限制‑修饰复合酶由R亚基和M亚基组成,所述的R亚基由基因c5372(res53)编码,其氨基酸序列如SEQ ID NO.3所示;所述的M亚基由基因c5373(mod53)编码,其氨基酸序列如SEQ ID NO.4所示。本发明通过构建搭载该细菌限制‑修饰系统的重组质粒并转化入普通大肠杆菌菌株MG1655中,使得MG1655能够显著的抵抗外源噬菌体的感染,说明此限制‑修饰系统能够极大的提高大肠杆菌抵抗噬菌体感染的能力。因此,本发明的提出为构建抗噬菌体的工程菌或活载体疫苗菌提供了新的技术手段。