本发明公开了一种基于脑磁图的时空域双子空间投影的去干扰方法,针对植入式神经刺激发射器的干扰信号,采用基于双子空间投影方法(Dual Signal Subspace Projection,DSSP),DSSP通过对采集数据进行两次信号子空间投影来去干扰。通过空间域子空间投影,其将采集信号分解为位于脑内空间源活动产生的采样数据和脑外空间源活动产生的采样数据;通过时域子空间投影,通过估计脑内和脑外信号空间的共有基即为干扰信号的基,将脑内数据投影到与干扰信号空间垂直的空间完成去干扰。并且该方法在进实验在模拟数据中能够较好的去除模拟脑外不同类型的强干扰噪声;在真实数据测试中,可以直接识别颠尖且可通过源重构方法对癫痫活动位置准确定位。