Disclosed herein are methods of extracting genetic material from a diverse population of one or more types of microbes in a sample. Microbes can be prokaryotes or eukaryotes and may include bacteria, archaea, fungi, protozoa, helminths, parasites, viruses, phages, and others. Extraction may be from a single sample and subsequent identification may be through a molecular method such as qPCR, PCR, RFLP, SSCP, allele specific PCR, targeted sequencing, pull down sequencing, whole shotgun sequencing, or other methods. Also provided are methods that include extracting nucleic acid molecules from a variety of organisms such as fungi ( i.e., Saccharomyces spp.), animal cells (Bos taurus), plants (e.g., Hordeum vulgare) from the gut of a human subject, performing a metagenomics analysis therefrom, and determining a probiotic treatment or dietary guidance for the subject based on the metagenomics analysis.La présente invention concerne des procédés d'extraction de matériel génétique en provenance d'une population variée constituée d'un ou plusieurs types de microbes dans un échantillon. Les microbes peuvent être des procaryotes ou des eucaryotes et peuvent comprendre des bactéries, des archéobactéries, des champignons, des protozoaires, des helminthes, des parasites, des virus, des phages, et autres. L'extraction peut être effectuée à partir d'un échantillon unique et l'identification ultérieure peut être effectuée au moyen d'un procédé moléculaire tel que la qPCR, la PCR, le RFLP, le SSCP, la PCR spécifique d'allèle, le séquençage ciblé, le séquençage pull down, le séquençage à l'aveugle du génome entier, ou d'autres procédés. L'invention concerne également des procédés qui consistent à extraire des molécules d'acide nucléique à partir d'une variété d'organismes tels que des champignons (c'est-à-dire, Saccharomyces Spp.), des cellules animales (Bos taurus), des plantes (par exemple, Hordeum vulgare) se trouvant dans l'intestin d'un sujet humain, à effectuer une analyse métag
