ARIZONA BOARD OF REGENTS ON BEHALF OF NORTHERN ARIZONA UNIVERSITY;THE TRANSLATIONAL GENOMICS RESEARCH INSTITUTE
发明人:
COLMAN, Rebecca E.,ENGELTHALER, David M.,SCHUPP, James M.,KEIM, Paul,SMITH, David
申请号：
USUS2014/052745
公开号：
WO2015/031385A1
申请日:
2014.08.26
申请国别(地区):
US
年份:
2015
代理人:
摘要：
The present invention provides a method of detecting a heteroresistant population of a pathogen in a sample, the method comprising: a) providing a sample comprising a population of a pathogen； b) extracting nucleic acids from the sample； c) amplifying a target locus of the genome of the pathogen in the extracted nucleic acids, wherein the target locus comprises at least one minor variant associated with drug resistance in the pathogen； d) consecutively sequencing both overlapping nucleic acid strands from a single DNA molecule amplified from the target locus on a Next Generation Sequencing (NGS) platform； e) applying an alignment algorithm to sequencing data from the overlapping nucleic acid strands； and f) performing an analysis of the aligned sequencing data to detect the at least one minor variant and heteroresistant population of the pathogen.La présente invention concerne un procédé de détection d'une population hétérorésistante d'un pathogène dans un échantillon, le procédé comprenant: a) fournir un échantillon comprenant une population d'un pathogène； b) extraire des acides nucléiques à partir de l'échantillon； c) amplifier un locus cible du génome du pathogène dans les acides nucléiques extraits, le locus cible comprenant au moins une variante mineure associée avec une pharmaco-résistance dans le pathogène； d) séquencer de façon consécutive les deux brins d'acide nucléique se chevauchant à partir d'une molécule unique d'ADN amplifiée à partir du locus cible sur une plateforme de Séquençage de Nouvelle Génération (NGS)； e) appliquer un algorithme d'alignement aux données de séquençage à partir des brins d'acide nucléique se chevauchant； et f) réaliser une analyse des données de séquençage alignées pour détecter la au moins une variante mineure et une population hétérorésistante du pathogène.
