本发明提供了一种人Y染色体微缺失的多重PCR扩增系统和检测试剂盒，所述系统包含以下位点相应序列为SEQ ID No.1至SEQ ID No.40的扩增引物，15个Y染色体微缺失位点(AZFa区4个，AZFb区4个，AZFc区5个，AZFd区2个)、3个样本分子标签位点(X‑STR2个，常染色体In/del位点1个)以及2个性别质控位点(SRY，ZFX/Y)，15个Y染色体微缺失位点采用序列标签位点(STS)特异性引物，3个分子标签位点采用长度多态性引物，2个性别质控位点采用STS特异性引物(EAA/EMQN关于Y染色体微缺失实验室最佳指南推荐检测位点，2013)，本发明所提供的这些引物相互兼容能够在同一PCR扩增体系内进行反应；此外本发明还提供了包含含有扩增引物组合物容器、PCR反应母液容器、PCR辅助液容器的检测试剂盒及其在人Y染色体微缺失非诊断检测中的应用；本发明在DNA提取情况后，通过一个PCR反应对20个遗传标记位点目的片段
