本发明公开了一种辅助检测母猪产仔数性状的方法及其专用试剂盒。本发明提供的方法,是检测待测母猪的GenBank Accession Number EU407778的第1645位脱氧核糖核苷酸是G还是A,确定待测母猪的基因型是GG、还是AA,GG基因型的母猪的产仔数高于AA基因型的母猪的产仔数;所述GG基因型为GenBank Accession NumberEU407778的自5′末端第1645位脱氧核糖核苷酸为G的纯合体;所述AA基因型为GenBank Accession Number EU407778的自5′末端第1645位脱氧核糖核苷酸为A的纯合体。应用本发明的方法可降低育种花费,有效增加实际生产中的猪总产仔数和产活仔数,提高经济效益。本发明的方法操作简单、准确度高、可实现自动化检测,将在猪育种中发挥巨大作用。