本发明公开了一种检测母猪总产仔数相关突变等位基因的方法及其专用试剂盒。本发明提供的方法是以检测待测母猪GenBank Accession Number EU407778的第2348位脱氧核糖核苷酸是T还是C,确定待测母猪的基因型是TT还是CC,TT基因型的母猪的产仔数高于CC基因型的母猪的产仔数;所述TT基因型为GenBank Accession NumberEU407778的自5′末端第2348位脱氧核糖核苷酸为T的纯合体;所述CC基因型为GenBank Accession Number EU407778的自5′末端第2348位脱氧核糖核苷酸为C的纯合体。应用本发明提供的方法对猪进行育种,可对待选猪进行早期筛选,有效地缓解实际生产中的选优良种猪时间长的问题,降低育种花费,有效增加实际生产中的猪总产仔数,提高经济效益,可实现自动化检测,将在猪育种中发挥巨大作用。