PURPOSE: A method for isolating and purifying shellfish-derived functional peptides is provided to obtain protein hydrolysate with antioxidation, anti-cancer, and anti-inflammation. CONSTITUTION: A method for preparing shellfish-derived protein hydrolysate comprises: a step of dissolving shellfishes in a buffer solution; and a step of adding protease to the solution for hydrolysis. The shellfishes are mussel, manila clam, or oyster. The buffer solution is phosphate buffer solution or glycine-HCl buffer solution. The hydrolysis is performed in a buffer solution of pH 2.0-9.0 at 30-80°;C for 1-24 hours. A neutraceutical food for antioxidation, anti-cancer, and anti-inflammation contains the shellfish-derived protein hydrolysate as an active ingredient.본 발명은 패류 유래 기능성 펩티드의 분리 정제 방법 및 상기 방법에 의해 분리 정제된 기능성 펩티드의 용도에 관한 것으로서, 보다 상세하게는 홍합, 굴 또는 바지락 유래 단백질 가수분해물의 제조방법과 상기 제조방법에 의해 추출한 단백질 가수분해물, 상기 단백질 가수분해물로부터 항산화, 항암, 항염증 활성을 갖는 기능성 펩티드를 분리 정제하는 방법 및 상기 방법에 의해 분리 정제된 기능성 펩티드에 관한 것이다.본 발명의 제조방법에 따르면, 패류로부터 보다 뛰어난 수율로 독성이 없는 단백질 가수분해물을 추출할 수 있으며, 본 발명의 단백질 가수분해물은 항산화, 항암 및 항염증 활성을 가지므로 의약품, 건강기능식품의 조성물로 이용될 수 있다.또한 본 발명은 막분리공정을 이용하여 상기 단백질 가수분해물로부터 항산화, 항암 또는 항염증 활성을 가지는 기능성 펩티드를 분리 정제하는 방법 및 상기 방법에 의해 분리 정제된 기능성 펩티드에 관한 것이다.또한 본 발명은 상기 단백질 가수분해물 또는 기능성 펩티드를 유효성분으로 함유하는 항산화제, 항암제, 항염증제 및 건강기능식품에 관한 것이다.