A surgical instrument navigation system is provided that visually simulates a virtual volumetric scene of a body cavity of a patient from a point of view of a surgical instrument residing in the cavity of the patient, wherein the surgical instrument, as provided, may be a steerable surgical catheter with a biopsy device and/or a surgical catheter with a side-exiting medical instrument, among others. Additionally, systems, methods and devices are provided for forming a respiratory-gated point cloud of a patient's respiratory system and for placing a localization element in an organ of a patient.L'invention concerne un système de navigation d'instrument chirurgical qui simule visuellement une scène volumétrique virtuelle d'une cavité corporelle d'un patient d'un point de vue d'un instrument chirurgical résidant dans la cavité du patient, l'instrument chirurgical, tel que fourni, pouvant être un cathéter chirurgical orientable ayant un dispositif de biopsie et/ou un cathéter chirurgical ayant un instrument médical à sortie latérale, entre autres. De plus, l'invention concerne des systèmes, des procédés et des dispositifs pour former un nuage de points à synchronisation respiratoire du système respiratoire d'un patient et pour placer un élément de localisation dans un organe d'un patient.