本发明属于玉米耐低温鉴定技术领域,公开了一种玉米耐低温ZmColdG1序列SNP鉴定方法,玉米耐低温ZmColdG1序列的DNA为:SEQ ID NO.1或SEQ ID NO.2或SEQ ID NO.3;SNP鉴定方法包括:进行玉米自交系幼苗培养;提取30份材料的DNA;PCR扩增出目的基因全长;进行测序。本发明已经扩出32个自交系的ZmColdG1序列的全长,已在外显子上发现29个突变位点,其中三个是非同义突变,分别是第二个外显子上W突变成L(突变位点1),第7个外显子A‑V(突变位点2),第7个外显子L‑Y(突变位点3;耐低温材料K10,黄C,沈5003同时出现突变位点1和3的非同义突变。