本发明涉及生物分子标记领域,具体公开了与水稻苗期根长相关的SNP分子标记及其应用。所述SNP分子标记来自LOC_Os08g31580基因,该SNP分子标记位于水稻第8染色体19,547,859bp位置,碱基为C或T。所述SNP分子标记与水稻苗期根长状显著相关,位点基因型为T/T的水稻品种的苗期根长显著长于位点基因型为C/C的水稻品种。同时依据此SNP位点设计了PCR引物,引物的核苷酸序列如SEQ ID No.2和SEQ ID No.3所示。利用本发明的SNP分子标记可用于水稻根系改良和抗旱育种,加速水稻抗旱新种质的创制和水稻抗旱分子育种的进程。