本发明提供了玉米穗行数相关基因GRMZM2G098557的SNP分子标记及应用,该SNP标记为2个,所述标记分别位于玉米基因组Chr4:199959357bp和Chr4:199959358bp的位置,侧翼序列如SEQ ID No.1所示。2个SNP分子标记与玉米穗行数相关基因显著相关,第一SNP位点基因型为A/A的玉米自交系材料的穗行数高于位点基因型为G/G的玉米自交系。第二SNP位点基因型为G/G的玉米自交系材料的穗行数高于位点基因型为A/A的玉米自交系。本发明的分子标记可用于玉米辅助育种,加速玉米高产创制与新品种选育进程。