本发明涉及生物分子标记领域,具体公开了与水稻抗旱相关的SNP分子标记及其应用。所述SNP分子标记来自LOC_Os03g20680基因,该SNP分子标记位于水稻第3染色体11,700,160bp位置,碱基为T或A。所述SNP分子标记与水稻干旱胁迫条件下的株高显著相关,位点基因型为A/A的水稻品种在干旱胁迫导致的株高降低的程度显著低于位点基因型为T/T的水稻品种,即位点基因型为A/A的水稻品种的抗旱性显著的优于即位点基因型为T/T的水稻品种。同时依据此SNP位点设计了PCR引物,引物的核苷酸序列如SEQ ID No.2和SEQ ID No.3所示。利用本发明的SNP分子标记可用于水稻抗旱育种,加速水稻抗旱新种质的创制和水稻抗旱分子育种的进程。