本发明提供一种玉米籽粒淀粉含量主效QTL位点的分子标记,包括第一和第二分子标记,分别包括SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示的第一引物对以及SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4所示的第二引物对。还提供了相关的玉米籽粒淀粉含量主效QTL位点,位于玉米的第9染色体的第一和第二分子标记之间,遗传距离分别为4.1cM和4.5cM。还提供了相关应用。本发明的玉米籽粒淀粉含量主效QTL位点的分子标记可以检测玉米籽粒淀粉含量的高低,可以预测玉米籽粒淀粉含量的高低,可以对玉米籽粒淀粉含量的高低进行有效选择,还可以用于高籽粒淀粉含量玉米的分子标记辅助育种,加速玉米优良品质育种的进程,设计巧妙,检测简便快捷,成本低,不受环境影响,适于大规模推广应用。