The present invention relates to a computer implemented method and a system for registering and tracking an anatomical structure (1) of a patient. The method comprising the steps of: - acquiring a first stereoscopic image dataset comprising video images having different viewing angles and providing a first image content (2A) showing the anatomical structure (1)； - registering said first image dataset to a 3D image dataset showing the anatomical structure (1)； - acquiring a second stereoscopic image dataset comprising video images having different viewing angles and providing a second image content (2B) showing the anatomical structure (1), which differs from the first image content (2A)； - track the anatomical structure (1) based on the second image dataset.La présente invention concerne un procédé mis en oeuvre par ordinateur et un système d'enregistrement et de suivi d'une structure anatomique (1) d'un patient. Le procédé comprend les étapes consistant : - à acquérir un premier ensemble de données d'image stéréoscopique comprenant des images vidéo ayant différents angles de visualisation et à fournir un premier contenu d'image (2A) montrant la structure anatomique (1) ； - à enregistrer ledit premier ensemble de données d'image sur un ensemble de données d'image 3D montrant la structure anatomique (1 ) ； à acquérir un second ensemble de données d'image stéréoscopique comprenant des images vidéo ayant différents angles de visualisation et à fournir un second contenu d'image (2B) montrant la structure anatomique (1), qui diffère du premier contenu d'image (2A) ； - à suivre la structure anatomique (1) sur la base du second ensemble de données d'image.
