To provide a medical apparatus capable of improving efficiency of a treatment, and a control method and a program of the medical apparatus.SOLUTION: An acquisition unit acquires a transparent image of a subject from an imaging unit that generates the transparent image by applying an electromagnetic wave onto a subject and imaging the subject. A specification unit specifies a target position of the subject in the transparent image. A control unit outputs an irradiation permission signal to a treatment apparatus that applies a treatment beam onto the subject when the target position specified by the specification unit is within the irradiation permission range. When a first switch is operated, the control unit causes the imaging unit to stop applying the electromagnetic wave, and causes the acquisition unit to stop acquiring the transparent image. When a second switch is operated, the control unit causes the imaging unit to stop applying the electromagnetic wave, and maintains a state that the acquisition unit can acquire the transparent image.SELECTED DRAWING: Figure 1【課題】治療の効率性を向上させることができる医用装置、医用装置の制御方法、およびプログラムを提供することである。【解決手段】実施形態の取得部は、電磁波を被検体に照射して撮影することで透視画像を生成する撮影部から、前記被検体の透視画像を取得する。特定部は、前記透視画像における前記被検体のターゲット位置を特定する。制御部は、前記特定部により特定されたターゲット位置が照射許可範囲内に収まる場合に、前記被検体に治療ビームを照射する治療装置に照射許可信号を出力する。前記制御部は、第1スイッチが操作された場合に、前記撮影部に前記電磁波の照射を停止させると共に前記取得部による前記透視画像の取得を停止させる。前記制御部は、第2スイッチが操作された場合に、前記撮影部に前記電磁波の照射を停止させると共に前記取得部による前記透視画像の取得が可能である状態を維持する。【選択図】図1