To provide a medical apparatus capable of comprehensively supporting a treatment by internal respiration synchronization, and a control method and a program of the medical apparatus.SOLUTION: In a medical apparatus, an acquisition unit acquires a transparent image of a subject from an imaging unit that generates the transparent image by applying an electromagnetic wave onto a subject and imaging the subject. A specification unit specifies a target position of the subject in the transparent image. An output control unit outputs an irradiation permission signal to a treatment apparatus that applies a treatment beam onto the subject when the target position specified by the specification unit is within the irradiation permission range. A display control unit causes a display unit to display an interface image for receiving respective start instructions for a treatment preparation stage and a treatment beam irradiation stage. An input operation acquisition unit acquires a content of an input operation performed by a user in the interface image.SELECTED DRAWING: Figure 1【課題】内部呼吸同期による治療を包括的にサポートすることができる医用装置、医用装置の制御方法、およびプログラムを提供することである。【解決手段】実施形態の医用装置において、取得部は、被検体に電磁波を照射して撮影することで透視画像を生成する撮影部から、前記被検体の透視画像を取得する。特定部は、前記透視画像における前記被検体のターゲット位置を特定する。出力制御部は、前記特定部により特定されたターゲット位置が照射許可範囲内に収まる場合に、前記被検体に治療ビームを照射する治療装置に照射許可信号を出力する。表示制御部は、治療の準備段階と、前記治療ビームの照射段階とのそれぞれの開始指示を受け付けるためのインターフェース画像を前記表示部に表示させる。入力操作取得部は、前記インターフェース画像において利用者によって行われた入力操作の内容を取得する。【選択図】図1