The present invention relates a method and a system for a multi-stage treatment of whole grain flour to reduce enzyme activity, and more specifically, for the rapid treatment of whole grain flour to reduce the lipase enzyme activity for increasing shelf-life using microwave energy for at least one of the stages.La presente invención se refiere a un método y un sistema para el tratamiento en múltiples etapas de harina de granos enteros para reducir actividad de enzima, y de manera más específica, para el tratamiento rápido de harina de granos enteros para reducir la actividad de enzima lipasa para incrementar la vida en anaqueles usando energía de microondas por al menos una de las etapas.