본 발명은 비콘 동기화 기반의 스마트 화분의 데이터 보안 시스템, 이를 이용한 데이터 보안 방법에 관한 것이다. 본 발명은, 스마트 모바일디바이스(20)가 비콘 기반 스마트 화분 장치(10)와 저전력 블루투스(BLE: bluetooth low energy) 기반 페어링 수행을 완료하는 제 1 단계; 스마트 모바일디바이스(20)가 스마트 화분 관리 서버(50)에 액세스 하여 스마트 화분 관리 서버(50)로 사용자 계정정보와 페어링 과정에서 획득한 비콘 기반 스마트 화분 장치 MAC 주소(MAC address) 전송과 함께, 페어링 완료된 비콘 기반 스마트 화분 장치(10)에 의한 BLE 기반의 비콘 신호를 브로드캐스팅(broadcasting)시 데이터 암호화를 위한 비밀키를 요청하는 제 2 단계; 스마트 화분 관리 서버(50)가 수신된 비콘 기반 스마트 화분 장치 MAC 주소(MAC address)와 사용자 계정정보를 '제 1 연결 정보'로 데이터베이스(53)에