본 발명은 셀룰로오스 에테르 담체를 이용한 해삼 배설물 제거 방법에 관한 것으로서, 셀룰로오스를 에테르화 반응시켜 셀룰로오스 에테르 담체를 제조하는 단계; 상기 셀룰로오스 에테르 담체에 공유결합으로 고정화된 효소 및 미생물을 제조하는 단계; 상기 고정화된 효소 및 미생물을 포도당과 탄수화물과 함께 해삼 양식 수조 안 배설물 주위로 첨가하는 단계; 상기 고정화된 효소와 미생물의 상호 기능에 의해 해삼 배설물이 제거되는 단계를 포함하는 셀룰로오스 에테르 담체를 이용한 해삼 배설물 제거 방법을 특징으로 하는 셀룰로오스 에테르 담체를 이용한 해삼 배설물 제거 방법으로서 해삼을 양식하는 과정에서 사육조내에 발생하는 배설물 및 찌꺼기를 효율적으로 제거하는데 이용 될 수 있다.