The endoscope system emits excitation light for exciting the fluorescent drug administered to the subject and illumination light for illuminating the inside of the subject, and a light source unit that emits light in response to irradiation of the excitation light. The fluorescent light and the reflected light generated in response to the irradiation of the illuminating light, an imaging unit that respectively images, a reflected light image generation unit that generates a reflected light image that is an image according to the reflected light, and a reflected light A fluorescent image generation unit that generates a fluorescent image that is an image, an image recording unit that records the reflected light image and the fluorescent image, respectively, and a control for recording the reflected light image and the fluorescent image in the image recording unit during the fluorescent light generation period. And a recording management unit that performs control for recording in the image recording unit the reflected light image for a predetermined period that is traced back before the start of the fluorescence generation period of the fluorescence non-generation period.内視鏡システムは、被検体に投与された蛍光薬剤を励起させるための励起光と、被検体の内部を照明するための照明光と、を発する光源部と、励起光の照射に応じて発生する蛍光と、照明光の照射に応じて発生する反射光と、をそれぞれ撮像する撮像部と、反射光に応じた画像である反射光画像を生成する反射光画像生成部と、蛍光に応じた画像である蛍光画像を生成する蛍光画像生成部と、反射光画像及び蛍光画像をそれぞれ記録する画像記録部と、蛍光発生期間において反射光画像及び蛍光画像を画像記録部に記録させるための制御を行うとともに、蛍光非発生期間のうちの蛍光発生期間の開始時よりも前に遡った所定期間分の反射光画像を画像記録部に記録させるための制御を行う録画管理部と、を有する。