The endoscope system includes: a light source unit that emits excitation light for exciting a fluorescent agent and illumination light； a light source unit that emits excitation light to an object existing in a body cavity of a subject to which the fluorescent agent is administered An imaging apparatus comprising: an imaging unit configured to capture fluorescence generated and reflected light generated in response to illumination of an object with respect to a subject； a first image that is an image corresponding to reflected light imaged by the imaging unit； And a second image which is an image indicating a site where fluorescence is generated are mixed with a pixel array having periodicity without overlapping each other, and the mixed image generation unit is configured to generate an observation image. 内視鏡システムは、蛍光薬剤を励起させるための励起光と、照明光と、を発する光源部と、蛍光薬剤が投与された被検体の体腔内に存在する被写体に対する励起光の照射に応じて発生する蛍光と、被写体に対する照明光の照射に応じて発生する反射光と、をそれぞれ撮像する撮像部と、撮像部により撮像された反射光に応じた画像である第１の画像と、被写体における蛍光の発生箇所を示す画像である第２の画像と、を相互に重複せずかつ周期性を有する画素配列で混合した観察画像を生成するように構成された混合画像生成部と、を有する。
