本发明涉及一种筛选中生菌素(Zhongshengmycin)高产菌株的方法,其解决了现有菌株中生菌素含量较低的技术问题。本发明的出发菌株为淡紫灰链霉菌海南变种(Streptomyces lavendulae var.hainanensis new var.),该方法包括出发菌株摇瓶培养萌发成菌丝体,将菌丝体经过ARTP诱变后,涂布于含有LiCl的培养基平板上并培养,将挑出的各单菌落菌块平板预筛,挑出抑菌圈直径较大的单菌落转接考核斜面,将考核斜面摇瓶考核,选出中生菌素含量高的菌株。本发明筛选中生菌素含量高的菌株,其发酵液对水稻白叶枯病、白菜软腐病、苹果轮纹病及苹果叶斑病等有良好的防效,该方法可以快速地筛选出中生菌素含量高的菌株。