一种稻瘟病抗性基因Pi9功能特异性分子标记及其应用,命名为Pi9InDel,核酸序列如SEQ ID NO.1所示。该分子标记Pi9InDel是通过引物对F1和R1从携带有稻瘟病抗性基因Pi9的稻瘟病抗性品种的总DNA中扩增出来得到得与稻瘟病抗性基因Pi9呈特异性带型的核苷酸片段I。该分子标记是第一个针对Pi9基因内部序列所开发的Pi9基因特异性InDel标记,具有如下优点:特异性高;在实际应用中,低成本、高通量;能广泛应用于遗传背景不同的群体中。利用该分子标记可以提高该基因在分子标记辅助选择育种、基因聚合育种,以及转基因育种中利用的效率。